Bernhard Müllers studierte Kirchenmusik in Regensburg und an der Hochschule für Musik in München Diplom-A-Kirchenmusik. Er ist seit 1990 Kirchenmusiker an der Basilika St. Martin in Amberg und Leiter der Konzertreihe Amberger Orgelmusik.
2019 studierte er im neu geschaffenen Studiengang Neue Geistliche Musik (NGM) u.a. bei Prof. Dieter Falk an der Hochschule für kath. Kirchenmusik und Musikpädagogik Regensburg, wo ihm im Oktober 2022 der akademischen Grad Master of Music (M. Mus.) mit Auszeichnung verliehen wurde.